Nuijapäällikkö Jaakko Ilkan jälkeläisiä kokoontui Ilmajoella kesäkuun 9.päivänä 1979 perustamaan sukuyhdistystä. Ensimmäiseksi puheenjohtajaksi valittiin kotiseutuneuvos Vesa Luoma (1927-2004). Hänen jälkeensä puheenjohtajaksi tuli Niilo Yli-Ilkka, välillä Oiva Rinta-Kurikka, ja sitten uudelleen Vesa Luoma, jota seurasi Erkki Holkko. Kesällä 2004 puheenjohtajaksi valittiin Seppo E Järvinen ja vuodesta 2007 puheenjohtajana toimii Juhani Salovaara. Sukuneuvoston järjestäytymiskokouksessa 26.7.2009 puheenjohtajaksi valittiin Pentti Laine Mustasaaresta.
Uusittujen sääntöjen mukaan:
"Sukuseuran tarkoituksena on selvittää vuonna 1597 kuolleen nuijapäällikkö Jaakko Ilkan ja hänen jälkeläisten vaiheita ja historiaa, vaalia suvun perinteitä, edistää yhteenkuuluvuuden tunnetta ja vuorovaikutusta suvun jäsenten kesken sekä kunnioittaa menneiden sukupolvien muistoa.
Sukuseuran varsinaiseksi jäseneksi voidaan hyväksyä jokainen yksityinen henkilö, joka on Jaakko Ilkan jälkeläinen tai jälkeläisen perheeseen kuuluva. Seuran kannattavaksi jäseneksi voidaan hyväksyä jokainen, joka haluaa edistää sukuseuran toimintaa".
Sukuyhdistyksen toimintaa johtaa Sukuneuvosto.
Sukuneuvoston toimikausi on varsinaisten sukukokousten välinen aika. Sukuneuvostoon on jäsenet pyrittävä valitsemaan mahdollisimman monien sukuhaarojen piiristä. Sukuneuvostoon kuuluu vähintään 10 ja enintään 15 neljäksi vuodeksi kerrallaan valittua jäsentä ja jokaiselle valittu henkilökohtainen varajäsen.
Sukuneuvosto valitsee vuosittain keskuudestaan puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan sekä keskuudestaan tai ulkopuolelta sukuseuran sihteerin, rahastonhoitajan ja muut mahdolliset toimihenkilöt.
Sukuseuran varsinainen sukukokous pidetään sukuneuvoston kutsusta sen määräämässä paikassa ja määräämänä aikana tammi-syyskuussa joka neljäs vuosi.
Jaakko Ilkan suvusta on ilmestynyt Jaakko Sarvelan tekemä tutkimus. Teos on tällä hetkellä loppuunmyyty. Sukukirjan uudistettu laitos on valmisteilla.